Già nel 1970, quando era arcivescovo di Cracovia, aveva conosciuto la chiesa durante un pellegrinaggio di sacerdoti polacchi. Il 27 gennaio 1980 san Giovanni Paolo II vi compì la Visita pastorale, in occasione del primo anniversario del suo viaggio apostolico in Messico. Nell’omelia del 1980 sottolineò la particolare vocazione spirituale del luogo:
«La vostra parrocchia, dedicata a Nostra Signora di Guadalupe, è come una testimonianza vivente del legame che, qui a Roma, nel centro della Chiesa, desideriamo sempre mantenere vivo con la Chiesa del lontano continente americano, raccolto attorno alla Madre. […] Questo Cuore, che unisce i popoli interi e i continenti, unisca costantemente voi nelle vostre famiglie, negli ambienti di lavoro, di scuola, di riposo. Vi unisca, attraverso questa Parrocchia, con la Chiesa nella quale vive Cristo, Figlio di Dio e Figlio di Maria, e che opera mediante il suo Spirito».
Il 15 gennaio 1991 lo stesso Giovanni Paolo II conferì alla chiesa il titolo di Basilica minore. Da allora, due ecclesiastici messicani — entrambi arcivescovi di Guadalajara — hanno portato il titolo di cardinali presbiteri di Nostra Signora di Guadalupe e San Filippo Martire in via Aurelia: il cardinale Juan Jesús Posadas Ocampo (1991-1993) e il cardinale Juan Sandoval Iñiguez, dal 1994 a oggi.